Principal rio de Cachoeira, o Paraguaçu marca também a divisão com o município de São Félix. Considerado o mais importante do recôncavo, ele nasce na Chapada Diamantina e deságua na baía de Todos os Santos. Tem 664 quilômetros de extensão e é navegável nos 33 quilômetros que separam sua embocadura de Cachoeira.

A casa e a fazenda foram começaram a ser construídos ainda no século XVII, bem como a primitiva capela do engenho, que data de 1637. O atual sobrado foi construído, posteriormente, em 1806, por Bernardino José Aragão, tendo sido habitado até 1940 pela família Paes Aragão. Com grandes salões, dormitórios e capela, o casarão foi erguido em forma de "U", resultando num pátio aberto no fundo, tipo de construção adotada em outras casas grandes e engenhos da época. Tombado pelo IPHAN em 1943, o engenho Embiara transformou-se em ruínas com o tempo.