Quando D. João VI chegou ao Rio, mandou fundar a fábrica de pólvora na várzea que circundava a lagoa hoje conhecida como Rodrigo de Freitas. Ao seu lado, mandou instituir um "jardim para plantas exóticas" que continha principalmente especiarias. Somente no reinado de D. Pedro I que o jardim tomou ares de Jardim Botânico, sob os cuidados do Frei Leandro do Sacramento quando a fábrica incendiou-se e não foi mais reerguida.

A história do Jardim Botânico começa com a criação do Jardim da Aclimatação, por D. João VI, em 13 de junho de 1808, pouco depois da chegada da família real ao Brasil. Inicialmente para aclimatar as especiarias vindas das Índias Orientais, o jardim virou Real Horto em 1811. Especula-se que as primeiras plantas vieram das Ilhas Maurício, inclusive as famosas palmeiras, como as retratadas na foto. O primeiro exemplar de palmeira foi chamada Palma Mater, plantada pelo próprio D. João. Por isso elas ficaram popularmente conhecidas como palmeiras reais ou imperiais.