Os cemitérios de São Francisco Xavier da Penitencia e da Órdem do Carmo ficavam próximos a praia de São Cristóvão, que desapareceu por causa de aterros consecutivos.

A quinta foi construída no século XVIII pelo negociante português Elias Antônio Lopes, num terreno elevado e com exuberante vegetação. Foi dada de presente a D. João VI quando este chegou ao Brasil, sendo a casa assim transformada em residência real. A partir de 1892 o palácio virou Museu Real (quando o museu foi transferido do Campo de Santana para a Quinta da Boa Vista) e, em 1922, tornou-se Museu Nacional.